Ensiklopedia ini menegaskan bahwa Islam Nusantara merupakan sebuah identitas nilai-nilai Islam yang diimplementasikan di bumi Nusantara yang majemuk ini—dengan jumlah penduduk lebih dari 250 juta yang terdiri dari 714 suku, serta 500-an bahasa daerah, ribuan tradisi dan 6 agama serta ratusan kepercayaan lokal—yang telah lama dipraktikkan oleh para pendahulu kita yang salah satu cirinya adalah kesantunan dalam menyebarkan ajaran agama. Islam disebarluaskan oleh para ulama yang sebagiannya dijabarkan dalam ensiklopedia setebal 640 halaman ini. Islam Nusantara mengedepankan ajaran-ajaran Islam yang moderat yang penuh toleransi, Islam yang hidup dalam keragaman, Islam yang menjungjung tinggi hak asasi manusia, hak-hak wanita, dan lain sebagainya. Islam Nusantara bisa menjadi model bagi bangsa lain untuk mengambil nilai-nilai positif di wilayahnya masing-masing.
Ensiklopedia ini menginformasikan bagaimana penafsiran ajaran Islam yang menekankan pada prinsip-prinsip ajaran tawasuth (moderat), tawazun (seimbang), tasamuh (tenggang rasa) dengan tanpa mencerabut kultur dan fakta sosial ke-Indonesia-an menjadikan Islam tampil dengan wajah yang damai, santun, dan toleran.
Islam Nusantara telah memberikan warna dan corak keberagamaan masyarakat Indonesia yang khas. Islam Nusantara yang mengidentikkan diri sebagai praktek dan sikap keberagamaan yang linier dengan karakter keindonesiaan menjadikan Islam mudah dipahami dan dapat diterima oleh masyarakat Indonesia secara masif.